• Quelles sont analyses proposées ? 

Le sérotypage des Salmonelles est réalisable par les outils génomiques mais une analyse cgMLST est également possible. 

Des analyses plus poussées comme des analyses SNP sont possible mais après échange avec le Réseau. 

• Quel est le délai moyen pour avoir les résultats de génomique (WGS/cgMLST) ?  

Ce délai est d'environ 1 mois à 1,5 mois et comprend :

     - 1 semaine pour le choix des souches et l'extraction,

     - 2 semaines pour le séquençage, et

     - 1 semaine pour l'exploitation des résultats de séquençage ainsi que la génération et l'envoi du rapport avec le sérotype.

• L'intercomparaison des résultats est-elle possible avec les autres laboratoires ? 

Le sérotypage et le MLST sont des résultats intercomparables entre les laboratoires, mais pas les résultats de cgMLST car ils sont dépendant des outils et bases de données utilisés. 

• Comment interpréter les résultats ? 

Pour le cgMLST, un même résultat de Complex Type (CT) permet de  conclure à une proximité génétique des souches (même cluster). 

• Est-il possible d'accéder à des formations en génomique ? 

Cela peut-être organisé en fonction de la demande sur différents aspects : compréhension globale, wet-lab et dry-lab.

Merci de contacter le Réseau Salmonella (reseau.SALMONELLA@anses.fr).

• Quels sont les tarifs ? 

Les tarifs sont disponibles ici. 

• Est-il possible d'avoir les reads bruts de séquençage ? ? 

Ceci est possible uniquement en réglant le coût d'une analyse cgMLST (tarif ici).