Notre fonctionnement

 

 

Les laboratoires adhérents s'engagent en signant une charte de fonctionnement avec l'Anses

 

Les méthodes d'analyse

 

Sérotypage par agglutination sur lame

Le sérotypage des Salmonella consiste, grâce à des réactions d'agglutination directe sur lame, à  identifier les antigènes somatiques « O » (détermination du groupe) et  les antigènes flagellaires « H » (détermination précise du sérovar).

 

PCR « Variants STM »

Cette méthode est basée sur le principe de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Elle cible l’amplification de quatre marqueurs génétiques par l’intermédiaire de deux PCR multiplexes (fljB, fliC, mdh et la région intergénique fliA-fliB). Elle permet de confirmer l’identité des variants du sérovar Typhimurium, après sérotypage partiel ou complet d’une souche présentant l’une des formules antigéniques suivantes :  1,4,[5],12:i:-,  1,4,[5],12:-:1,2   ou 1,4,[5],12:-:-.

 

WGS

Basée sur le séquençage du génome complet (WGS), la méthode cgMLST repose sur un schéma analytique standardisé  d’un nombre fixe de gènes pour chaque espèce ou groupe d'espèces étroitement apparentées.

Cette méthode  est adaptée pour normaliser le génotypage bactérien. Ainsi, des génomes très proches peuvent être "regroupés" en un type complexe (CT), permettant d’identifier les groupes phylogénétiquement reliés.

 

Sérotypage moléculaire

Cette méthode permet de confirmer le genre Salmonella et d’en déterminer le sérovar (dans le cas des sérovars de Salmonella enterica subsp. enterica les plus fréquents) par PCR. La révélation des produits d’amplification est réalisée par la technologie des bio-puces à ADN (Check&Trace Salmonella).

Cette analyse fait l’objet d’une facturation à la souche au tarif en vigueur.

 

Les tarifs des prestations analytiques

 

Les tarifs des prestations Anses sont disponibles ici.

 

Pour les analyses effectuées soit par sérotypage par agglutination soit par WGS, un abonnement forfaitaire est proposé.

 

Ce dernier est pour l’année 2022 d’un montant de 520,20 € HT (code 00860). Il comprend :

  • un sérotypage gratuit des 25 premières souches,
  • un tarif spécial de 15,61 € HT/souche (pour le sérotypage au-delà de 25 souches,
  • un tarif spécial pour le séquençage complet du génome facturé à 114,44 € HT/souche dès la première souche.

 

Le sérotypage d’une souche demandé en urgence  est  facturé au tarif de 117,77 € HT (code 00850), que le laboratoire ait souscrit ou non un abonnement forfaitaire. La mention "urgent" doit être notée sur la demande d'analyse. Pour le séquencage, le tarif est 762,61€ HT (code 00501)

 

Si aucun abonnement forfaitaire n’est souscrit, le tarif  par souche est de 88,33 € HT (code 00840) pour le sérotypage  et 159,18€ HT (code 00502) pour le séquençage.

 

Dans le cadre des « Enquêtes / Etudes » générant un nombre important de souches, il est nécessaire de nous contacter avant cet envoi et un devis spécifique sera établi.

 

L’abonnement  est « gratuit » si le laboratoire envoit uniquement ses propres résultats de sérotypage. (récapitulatifs)

 

Pour les analyses par PCR, elles font l’objet d’une facturation à la souche au tarif en vigueur.

 

L'organisation d'essais inter-laboratoire d’aptitude (EILA)

Tous les 2 ans, l'unité SEL organise un EILA sérotypage des salmonelles.

Cet essai inter-laboratoire est destiné aux adhérents du réseau. Il est, en général, organisé sur la période juin / juillet. 


La formation au sérotypage des Salmonella

L’unité SEL organise, sur demande, des stages de formation de deux jours. Ils concernent l’identification et le sérotypage de Salmonella par la méthode d’agglutination rapide sur plaque. Cette formation s’adresse aux techniciens de laboratoires d’analyse.

 

L’inventaire

Une compilation des résultats de sérotypage est publiée chaque année sous la forme d’un inventaire.