L’interface Web Acteolab (Application pour la Centralisation et le Transfert des données dédiées à l’Epidémiosurveillance Opérationnelle des Laboratoires ) est en cours de déploiement.

Fin mai 2022, plus de 60 laboratoires partenaires du réseau Salmonella ont été formés à l’utilisation de cet outil et l’utilisent déjà pour leurs demandes d’analyses.

Cette application permet à chaque laboratoire connecté de faire ses demandes d’analyses en ligne, de suivre l’état d’avancement de ses souches / rapports d’analyse, d’accéder à l’ensemble de ses données depuis 2001, de déposer ses récapitulatifs,…

A court terme, chaque laboratoire pourra accéder à l’ensemble des données du réseau (granulométrie niveau région, respect de la confidentialité), à des rapports de sérotypage unitaires (1 rapport par souche) téléchargeables via l’application selon les droits définis par le(s) référent(s) de votre laboratoire (adhésion au forfait obligatoire pour ouvrir les droits).

L’utilisation de cette application (relativement simple et intuitive) sera bientôt d’utilisation obligatoire pour faire vos demandes d’analyses.

Si vous n’avez pas été convié à la présentation des fonctionnalités de cette application, merci de contacter vincent.leclerc@anses.fr

Le projet CARE (Cross-sectoral framework for quality Assurance Resources for countries in the European Union) a reçu un financement du programme de recherche Horizon 2020 One Health EJP de l'Union européenne dans le cadre de la convention de subvention n° 773830.  https://onehealthejp.eu/jip-care/

Le projet CARE vise à développer des nouveaux tests de compétence (PT) pour des laboratoires, à créer des matériaux de référence et à recenser les critères pour une collecte des données démographiques de qualité.

Les tests PT, ou programmes d'assurance qualité externe (EQA), font partie intégrante de la gestion de l'assurance qualité pour les laboratoires impliqués dans le domaine de la microbiologie humaine, alimentaire et animale.

Les matériaux de référence (MR) pour les analyses microbiologiques des agents pathogènes zoonotiques sont disponibles dans les laboratoires de référence (par exemple les EURL) mais il n'existe pas une collection de matériaux de référence au niveau européen. L’objectif est de recenser ces matériaux de référence. De la même manière, en Europe on dispose d'un important nombre de collections privées et des Centres de Ressources Biologiques microbiennes (mBRC). Néanmoins, l'offre de ces ressources et des données associées est très fragmentée entre les États membres. Cela constitue une barrière importante pour les utilisateurs qui doivent (i) consulter différents systèmes d'information avec des données hétérogènes et (ii) contacter plusieurs collections ou mBRC pour accéder au large éventail de ressources. L’objectif est de créer une collection de souches de référence d’agents pathogènes zoonotiques et d'origine alimentaire, unique et accessibles à tous. Les partenaires du projet visent également à diffuser plus largement les informations sur l'accessibilité non seulement de la collection de référence mais aussi des collections microbiennes des partenaires de CARE.

Au niveau de l'UE ou au niveau national, l'évaluation et la gestion des risques dépendent fortement de la disponibilité et de la qualité des données sur les populations animales, la consommation de denrées alimentaires et d'aliments pour animaux. La qualité et la disponibilité des données démographiques, y compris celles relatives à la consommation alimentaire pour l'évaluation des risques, diffèrent d'un pays à l'autre. L’objectif de CARE est d’évaluer la qualité et la disponibilité des données démographiques et chercher les moyens pour améliorer la collecte de ces données tout en sensibilisant les autorités de l'UE impliquée et concernés.

Valorisation : Emeline Cherchame, Guy Ilango, Véronique Noel and Sabrina Cadel-Six. Polyphyletic description of the most widespread serovars of Salmonella enterica and genomic proximity between serovars for best reference genome choice in bioinformatics analyses. Congrès I3S, St Malo 21-23 juin 2022, France.

Le projet européen COMPARE (Collaborative management platform for detection and analyses of (re-) emerging and foodborne outbreaks in Europe) a reçu un financement du programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne dans le cadre de la convention de subvention n° 643476. https://www.compare-europe.eu/

Dans le cadre de ce projet un réseau de recherche multidisciplinaire a été créé parmi différents instituts européens en France, Angleterre, Allemagne, Italie et Danemark). 

Objectifs et principaux résultats : Le projet Compare a pour objectif la mise en place d’une infrastructure d’échanges d’informations au niveau Européen pour la gestion des épidémies humaines ou animales. L’Unité SEL s’implique dans ce projet en développant et en validant des protocoles WGS pour Salmonella et Listeria. Parmi les pathogènes transmissibles par les aliments étudiés dans Compare, Salmonella a été retenu et fera l’objet d’une étude pilote, avant d’élargir à l’ensemble des bactéries, virus et parasites, représentant un risque dans la chaîne alimentaire. Ce projet a permis à l’Unité SEL (1) d’obtenir des protocoles harmonisés et validés à chacune des étapes du processus et (2) de bénéficier de bases de données de génomes et de séquences de référence et (3) de définir les types et formats de données WGS utiles pour la surveillance.

Valorisations:

Cadel-Six S, Cherchame E,Douarre P-E, Tang Y, Felten A,Barbet P, Litrup E, Banerji S, Simon S,Pasquali F, Gourmelon M, Mensah N,Borowiak M, Mistou MY andPetrovska L (2021) The Spatiotemporal Dynamics and Microevolution Events That Favored the Success of the Highly Clonal Multidrug-Resistant Monophasic Salmonella Typhimurium Circulating in Europe. Front. Microbiol. 12:651124. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.651124 

Laurent Guillier, Michéle Gourmelon, Solen Lozach, Sabrina Cadel-Six, Marie-Léone Vignaud, Nanna Munck, Tine Hald, Federica Palma. 2020. AB_SA: Tracing the source of bacterial strains based on accessory genes. Application to Salmonella Typhimurium environmental strains. Microbial Genomics, Volume 6, Issue7. First Published: 22 April 2020 https://doi.org/10.1099/mgen.0.000366 

Nicolas Radomski#, Sabrina Cadel-Six#, Emeline Cherchame, Arnaud Felten, Pauline Barbet, Ludovic Mallet, Simon Le Hello, Laurent Guillier, Michel-Yves Mistou (2019). A simple and robust statistical method to define genetic relatedness of samples related to outbreaks at the genomic scale - Application to retrospective Salmonella foodborne outbreak investigations. Front. Microbiol., 24 October 2019 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02413   

L’interface Web Acteolab (Application pour la Centralisation et le Transfert des données dédiées à l’Epidémiosurveillance Opérationnelle des Laboratoires ) est en cours de déploiement.

Fin mai 2022, plus de 60 laboratoires partenaires du réseau Salmonella ont été formés à l’utilisation de cet outil et l’utilisent déjà pour leurs demandes d’analyses.

Cette application permet à chaque laboratoire connecté de faire ses demandes d’analyses en ligne, de suivre l’état d’avancement de ses souches / rapports d’analyse, d’accéder à l’ensemble de ses données depuis 2001, de déposer ses récapitulatifs,… A court terme, chaque laboratoire pourra accéder à l’ensemble des données du réseau (granulométrie niveau région, respect de la confidentialité), à des rapports de sérotypage unitaires (1 rapport par souche) téléchargeables via l’application selon les droits définis par le(s) référent(s) de votre laboratoire (adhésion au forfait obligatoire pour ouvrir les droits).

L’utilisation de cette application (relativement simple et intuitive) sera bientôt d’utilisation obligatoire pour faire vos demandes d’analyses.

Si vous n’avez pas été convié à la présentation des fonctionnalités de cette application, merci de contacter vincent.leclerc@anses.fr