L'application "Indicateurs sanitaires" est accessible depuis l'application ACTEOlab. 

Ce tuto est divisé en 6 parties et vous explique comment  : 

1. créer un histogramme

2. visualiser les principaux sérovars

3. créer une carte choroplèthe

4. visualiser l'évolution des sérovars au cours du temps

5. créer un diagramme de Sankey

6. créer un diagramme TREEMAP 

IOCAP : Identification Optimisée de Cluster de salmonelles isolées sur la Chaine Alimentaire 

Une collaboration entre différents laboratoires de l’ANSES a été menée pour optimiser l’utilisation des données de nature épidémiologiques transmises par les laboratoires partenaires du Réseau Salmonella. Ainsi, un outil statistique permettant la détection rapide de l’augmentation anormale d’un sérotype particulier au niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, est opérationnel depuis Septembre 2018. Les souches potentiellement reliées d’un point de vue épidémiologique font l’objet d’une analyse génomique pour confirmer ou infirmer ce lien. La détection précoce de l’augmentation de certains sérotypes devrait permettre une mise en œuvre de mesures de gestion pertinentes afin de réduire l’impact en santé humaine et en santé et production animales. Ce projet s’inscrit dans une dynamique nationale forte d’optimisation de la surveillance sanitaire des contaminants biologiques de la chaîne alimentaire, « de la fourche à la fourchette » mis en place par la plateforme nationale de surveillance sanitaire de la chaine alimentaire (PtF SCA).

ADONIS : ElucidAting Determinants of the increase in SalmONella  Incidence in EU countrieS

La salmonellose reste la deuxième zoonose la plus fréquente chez l'homme dans l'UE malgré une tendance à la baisse significative à long terme des cas de salmonellose depuis 2008. Ces dernières années, cependant, la tendance s'est stabilisée et le nombre de cas déclarés et le taux de notification de l'UE ont augmenté. Chez les poules pondeuses, la prévalence des troupeaux positifs pour les sérotypes cibles et surtout pour S. Enteritidis a augmenté, après une longue période de réduction documentée. Plusieurs raisons sont émises, notamment: des rapports plus complets et des améliorations dans la surveillance de la salmonellose, un relâchement prématuré des mesures de contrôle de Salmonella lors de la production primaire, des carences possibles dans l'application des règles existantes par certaines autorités et la sensibilité des programmes d'échantillonnage légaux, et une exposition modifiée / augmentée. L'objectif principal de ce projet est d'identifier les causes conduisant à l'inversion de la tendance à la baisse de l'incidence de Salmonella chez l'homme et la volaille dans l'UE. Nous abordons cela par une approche intersectorielle par laquelle nous étudions les facteurs explicatifs possibles au niveau de la production primaire, de l'exposition et de l'épidémiologie et du pathogène.

Implication du réseau salmonella dans le GT Ondes, pour l’optimisation nationale de la surveillance des salmonelles

Un groupe de travail (GT), nommé ONDES (pour « Optimisation Nationale des Dispositifs d’Épidémio-surveillance des Salmonella »), a été mis en place en octobre 2018, pour un mandat de 18 mois. Il a eu pour objectif général de promouvoir la mise en place d’une démarche préventive par l’optimisation des dispositifs de surveillance des salmonelles.

Ce projet collaboratif transversal aux Plateformes de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) et d’épidémio-surveillance en santé animale (ESA) a permis de développer de manière opérationnelle une surveillance plus intégrée, au niveau local et national, aux différents maillons de la chaîne alimentaire. Ce collectif, riche d’une grande diversité de métiers et d’expériences, s’est penché sur la question des données utiles à partager et de leur valorisation.

L’Anses, gestionnaire du réseau Salmonella, a été logiquement représenté dans ce GT. Le groupe a pu ainsi bénéficier de l’expérience du réseau dans le domaine de l’animation de dispositif de surveillance et de développement d’outils d’aide au pilotage tels que des indicateurs de fonctionnement et indicateurs sanitaires. 

Le GT a établi la cartographie des acteurs et des dispositifs de surveillance existant actuellement en France vis-à-vis de Salmonella. Il a ainsi été souligné le caractère très transversal et unique du réseau Salmonella, qui contribue à son positionnement central dans le système national.

Une évaluation des collaborations entre les différents acteurs du système national de surveillance a également été menée. Au regard des multiples activités qui constitue la surveillance, des recommandations ont été formulées dans le rapport final du groupe qui est disponible en ligne sur le site de la Plateforme SCA.

menée. 

Pour protéger les consommateurs contre les zoonoses d’origine alimentaire, l’UE a adopté une approche intégrée en matière de sécurité des aliments, de la ferme à l’assiette. Cette approche comprend à la fois des mesures d’évaluation des risques (par exemple collecte et analyse de données, recommandations) et des mesures de gestion des risques (par exemple mesures législatives, objectifs de réduction), faisant intervenir tous les acteurs clés : les états membres de l’Union Européenne, la commission européenne, le parlement européen, l’EFSA, le centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et les opérateurs économiques. L’approche est soutenue par des activités de communication des risques opportunes et efficaces. Le réseau Salmonella est un des acteurs nationaux de cette surveillance. 

Ce réseau regroupe environ 120 laboratoires vétérinaires volontaires, privés et publics, couvrant la majorité des départements français. Il est animé par le Laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses de Maisons-Alfort. L’un de ses principaux objectifs est de collecter et caractériser, au niveau national, les types de Salmonella d’origine non humaine. Depuis 2000, cette activité a permis de rassembler entre 10 000 à 14 000 souches de salmonelles par an, permettant d’apprécier la diversité des salmonelles sur l’ensemble de la chaîne alimentaire et d’en suivre l’évolution dans les différents secteurs, de l’animal jusqu’au consommateur.

Le réseau Salmonella permet également de recueillir des informations qui ne seraient pas disponibles par ailleurs, dans certaines filières (filière porcine, notamment) ou pour des sérovars rares ou non couverts par la réglementation.Les informations épidémiologiques, combinées aux données de caractérisation des souches, sont exploitées régulièrement dans le cadre de prévention ou d’investigations de toxi-infections alimentaires collectives, ainsi que d’épidémies communautaires, en collaboration avec le CNR des Salmonella, Santé Publique France et les autorités de contrôle. La stabilité de fonctionnement du réseau depuis plusieurs années rend possible une analyse temporelle permettant de mettre en évidence l’évolution de la fréquence d’isolement de sérovars particuliers ou la détection statistique de phénomènes ponctuels, inhabituels, susceptibles d’être considérés comme des signaux précoces sur la chaîne alimentaire.