• J'ai besoin de me former au sérotypage, comment faire ?

Je prends contact avec le réseau (reseau.salmonella@anses.fr).
Le prix de la formation est de 839 € HT (code 00170) en 2023 .

 

• J'ai besoin d'informations sur les sérums, qui puis-je contacter ?  

Vous pouvez contacter Mme Morel (viviane.morel@anses.fr, coordonnées complètes ici).

 

• Lors des EILA "sérotypage", de quels sérums le laboratoire doit-il disposer ?  

Les Essais Inter-laboratoires d'Aptitude (EILA) visent à évaluer l'aptitude des laboratoires qui y participent, selon leurs conditions habituelles de fonctionnement. Les analyses de sérotypage doivent donc être pratiquées en utilisant les sérums habituellement disponibles dans le laboratoire. Si un sérum manque à la détermination précise du sérovar, cette information doit être indiquée lors du rendu des résultats de l'EILA.

 

• Faut-il obligatoirement réaliser une inversion de phase pour trouver la deuxième phase flagellaire ?  

Les Salmonella présentent généralement deux phases flagellaires. Après détermination d'une phase flagellaire, il est vérifié, à l'aide de la classification de Kauffmann-White-Le Minor, s'il s'agit d'une Salmonella diphasique ou monophasique. S'il s'agit d'une Salmonella diphasique, la phase flagellaire identifiée doit être bloquée par la méthode d'inversion de phase, car elle masque généralement la détermination de la seconde phase. En l'absence d'agglutinats ou en présence de la même phase flagellaire, l'opération d'inversion de phase est refaite au moins trois fois en repartant chaque fois de la dernière culture obtenue sur la gélose SvenGard. Si aucun résultat positif n'est trouvé, la souche est considérée comme monophasique.

 

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• Les rapports seront-ils disponibles sur Acteolab ?

Actuellement, cette fonctionnalité n'est pas encore disponible. A terme, une fois les analyses terminées, un rapport sera disponible pour chaque souche directement sur Acteolab selon la convention de preuve établie avec votre laboratoire.

 

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• Comment peut-on obtenir le fichier pivot ?

Le fichier pivot est disponible sur Acteolab ou vous pouvez le demander par mail au Réseau Salmonella.

 

• A quoi correspondent les récapitulatifs ?

Les fiches de récapitulatifs rendent compte des souches de Salmonella que le laboratoire a sérotypées complètement et qui n'ont pas été envoyées à l'Anses. Ces fiches ne doivent pas reprendre les informations caractérisant les souches transmises à l'Anses car cela occasionnerait des enregistrements en double dans la base de donnée du réseau.

 

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• Que signifie ACTEOLAB ?

Application pour la Centralisation et la Transfert dédiées à l'Epidémiosurveillance Opérationnelle des Laboratoires.

 

• Qui peut utiliser Acteolab ?

Toute personne peut utiliser Acteolab à l'issue d'une formation pour apprendre à utiliser l'application et visualiser les informations relatives aux souches.

 

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• Quelles sont analyses proposées ? 

Le sérotypage des Salmonelles est réalisable par les outils génomiques mais une analyse cgMLST est également possible. 

Des analyses plus poussées comme des analyses SNP sont possible mais après échange avec le Réseau. 

 

• Quel est le délai moyen pour avoir les résultats de génomique (WGS/cgMLST) ?  

Ce délai est d'environ 1 mois à 1,5 mois et comprend :

     - 1 semaine pour le choix des souches et l'extraction,

     - 2 semaines pour le séquençage, et

     - 1 semaine pour l'exploitation des résultats de séquençage ainsi que la génération et l'envoi du rapport avec le sérotype.

 

• L'intercomparaison des résultats est-elle possible avec les autres laboratoires ? 

Le sérotypage et le MLST sont des résultats intercomparables entre les laboratoires, mais pas les résultats de cgMLST car ils sont dépendant des outils et bases de données utilisés. 

 

• Comment interpréter les résultats ? 

Pour le cgMLST, un même résultat de Complex Type (CT) permet de  conclure à une proximité génétique des souches (même cluster). 

 

 

• Est-il possible d'accéder à des formations en génomique ? 

Cela peut-être organisé en fonction de la demande sur différents aspects : compréhension globale, wet-lab et dry-lab.

Merci de contacter le Réseau Salmonella (reseau.SALMONELLA@anses.fr).

 

• Quels sont les tarifs ? 

Les tarifs sont disponibles ici. 

 

• Est-il possible d'avoir les reads bruts de séquençage ? ? 

Ceci est possible uniquement en réglant le coût d'une analyse cgMLST (tarif ici). 

Veuillez trouver ici les réponses à vos questions selon différentes thématiques.

Si vous ne trouvez pas la réponse à votre question, merci de l'envoyer sur la boîte mail du réseau, merci !

Les présentations de la journée conjointe du LNR et du réseau Salmonella du 9 décembre 2022 sont maintenant disponibles dans l'onglet "JRS 2022" ici.