Les thèmes développés au sein de l’unité de microbiologie des eaux ont pour finalités d’apporter des résultats et des outils permettant une meilleure connaissance des dangers vis-à-vis d’agents pathogènes pour l’homme (bactéries, parasites et virus) pouvant être transmis par la voie hydrique.

Il s’agit des Cryptosporidium et des Giardia  pour les parasites, des Campylobacter Jejuni et Coli et des Escherichia coli producteurs de vérotoxine (VTEC) pour les bactéries, des Adénovirus, Norovirus et des Entérovirus pour les virus.L’unité explore également la possibilité de circulation d’autres pathogènes dans les milieux hydriques environnementaux.