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Salmonella Network

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Journées du réseau

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Bilan de fonctionnement du réseau Salmonella en 2008 Mise en place d’indicateurs de performance

Langue French

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Inventaires

Chaque année, les souches sérotypées au LSAL et les récapitulatifs reçus par les laboratoires partenaires font l'objet d'un inventaire. Ceux-ci permettent de suivre les tendances évolutives de chaque sérovar en prenant en compte leur répartition au sein des différents secteurs de prélèvement.

Documents techniques

Envoi de souches

Lors d'un envoi de souche, il est indispensable que celle-ci soit accompagnée de la fiche appelée "fiche de renseignements Salmonella" .

Lorsque la demande d'analyse a été créée dans l'application ACTEOLab, la "fiche de renseignements Salmonella" est éditée via l'application.

Dans le cas contraire, les laboratoires utilisent deux fiches spécifiques appelées « Fiches de renseignement Salmonella ». (formulaires MIC-LSA-FSE-0046 et MIC-LSA-FSE-0047 rev. 03) en fonction du secteur d'origine du prélèvement : "Hygiène des aliments / Alimentation animale" ou "Santé et production animale / Environnement"

Ces fiches sont identifiées par un "code laboratoire" (3 chiffres), attribué par l'Anses au moment de l'adhésion au réseau. Les fiches ne sont donc pas téléchargeables mais disponibles sur simple demande auprès du réseau

Envoi de récapitulatifs

Pour les envois de récapitulatifs, les laboratoires utilisent une fiche spécifique appelée « Fiche de centralisation des résultats de sérotypage des salmonelles » . Pour aider à la classification des matrices, un fichier d'aide à la saisie est proposé.

A défaut, les données peuvent être issues d'une extraction du système de gestion du laboratoire (LIMS).

L'envoi des données sous forme de fichiers excel (ou équivalent) est à privilégier.

Quelques précisions concernant :

Documents

Avertissements avant toute interprétation des données de surveillance du réseau Salmonella

Le réseau Salmonella reçoit, dans le cadre d'une prestation de sérotypage ou typage moléculaire, des souches de salmonelles isolées, par les laboratoires partenaires au réseau.

Ces envois de souches sont complétés par l'envoi de récapitulatifs de résultats de sérotypage réalisés par les laboratoires partenaires eux-mêmes.

Les souches sont collectées à partir :

- d'animaux (malades ou porteurs sains) ou de leur environnement d'élevage (secteur "Santé et production animale")

- d'aliments destinés à la consommation humaine ou animale, de l'environnement d'abattoirs, d'ateliers de découpe et de transformation (secteurs "Alimentation humaine" ou "Alimentation animale")

- de l'environnement naturel (secteur "Ecosystème").

La participation des laboratoires publics ou privés au réseau Salmonella s'inscrit dans une démarche volontaire, par la souscription à un abonnement forfaitaire, et par l'engagement de la retransmission de récapitulatifs de résultats de sérotypage. Les données du réseau Salmonella ne sont donc pas exhaustives.

Le réseau collecte les informations épidémiologiques sur les souches de salmonelles isolées, mais ne reçoit aucune indication sur le nombre de prélèvements effectivement réalisés en vue de la recherche de salmonelles, ni sur l'unité épidémiologique ciblée par le plan d'échantillonnage (troupeau, couvoir, lot…). Les commémoratifs accompagnant la souche ou les résultats de sérotypage ne permettent pas toujours d'identifier clairement les doublons, ce qui peut entraîner une surestimation artificielle de quelques sérovars dans certains secteurs.

Par ailleurs la règlementation sur les salmonelles ne visant que certains sérovars et certaines filières d'élevage, exerce une pression de contrôle qui conduit également à une surestimation du nombre de souches de ces sérovars dans ces filières, par rapport à l'ensemble des souches collectées.

Les données du réseau ne peuvent donc pas être assimilées à des données de prévalence des salmonelles isolées en France.

Cependant, depuis la réorganisation du réseau Salmonella en 1997, il est possible d'effectuer des comparaisons d'une année sur l'autre à l'exception de l'année 2020 qui a été marquée par la pandémie de la Covid 19 ; les caractéristiques du réseau restant stables, l'importance quantitative et qualitative des informations recueillies permettent de considérer que cette surveillance reflète la diversité des sources de contamination dans les différents secteurs et certaines tendances du terrain, dont certains évènements inhabituels méritant une attention particulière.

Notre fonctionnement

Les laboratoires adhérents s'engagent en signant une charte de fonctionnement avec l'Anses

Les méthodes d'analyse

Sérotypage par agglutination sur lame

Le sérotypage des Salmonella consiste, grâce à des réactions d'agglutination directe sur lame, à identifier les antigènes somatiques « O » (détermination du groupe) et les antigènes flagellaires « H » (détermination précise du sérovar).

Whole Genome Sequencing

Sérotypage par outils génomiques (dont variants monophasiques de Typhimurium)

Le sérotypage des Salmonella peut également être déterminé sur la base d’un séquençage complet de génome (WGS) grâce à la caractérisation de déterminants génétiques propres à Salmonella. La méthode mise en œuvre combine les résultats de deux outils génomiques : SeqSero2 (Zhang et al., 2019) et SISTR (Yoshida et al., 2016).

Si le résultat correspond à l’une des formules antigéniques d’un variant monophasique (1,4,[5],12:i:-, 1,4,[5],12:-:1,2 ou 1,4,[5],12:- :- ), alors une PCR in silico (outil de bio-informatique utilisé pour simuler la PCR pour un ensemble d'amorces donné) est réalisée afin de vérifier s’il s’agit ou non d’un vrai variant monophasique de Typhimurium ou d’un autre sérovar.

Clustering par cgMLST

Basée sur le séquençage du génome complet (WGS), la méthode cgMLST repose sur un schéma analytique standardisé d’un nombre fixe de gènes pour chaque espèce ou groupe d'espèces étroitement apparentées. Ainsi, des génomes très proches peuvent être "regroupés" en un Complex Type (CT), permettant d’identifier les groupes phylogénétiquement reliés.

Les tarifs des prestations analytiques

Les tarifs des prestations Anses sont disponibles ici.

Pour les analyses effectuées soit par sérotypage par agglutination soit par WGS, un abonnement forfaitaire est proposé.

Ce dernier est pour l’année 2024 d’un montant de 575 € HT (code 00860). Il comprend :

un sérotypage gratuit des 25 premières souches,
un tarif spécial de 17 € HT/souche (pour le sérotypage au-delà de 25 souches, code 00861),
un tarif spécial pour le séquençage complet du génome facturé à 127 € HT/souche (code 01194) dès la première souche.

Le sérotypage d’une souche demandé en urgence est facturé au tarif de 130 € HT (code 00850), que le laboratoire ait souscrit ou non un abonnement forfaitaire. La mention "urgent" doit être notée sur la demande d'analyse. Pour le séquencage, le tarif est 843 € HT (code 00501).

Si aucun abonnement forfaitaire n’est souscrit, le tarif par souche est de 98 € HT (code 00840) pour le sérotypage et 176 € HT (code 00502) pour le séquençage.

Dans le cadre des « Enquêtes / Etudes » générant un nombre important de souches, il est nécessaire de nous contacter avant cet envoi et un devis spécifique sera établi.

L’abonnement est « gratuit » si le laboratoire envoie uniquement ses propres résultats de sérotypage (récapitulatifs).

Pour les analyses par PCR, elles font l’objet d’une facturation à la souche au tarif en vigueur.

Il existe un stage de formation (1,5 jours) pour l'identification et le sérotypage de salmonnelles par la méthode d'agglutination sur lames au prix de 839 € HT (code 00170). Merci de prendre contact avec le réseau si vous êtes intéressés.

L'organisation d'essais inter-laboratoire d’aptitude (EILA)

Tous les 2 ans, l'unité SEL organise un EILA sérotypage des salmonelles.

Cet essai inter-laboratoire est destiné aux adhérents du réseau. Il est, en général, organisé sur la période juin / juillet.

La formation au sérotypage des Salmonella

L’unité SEL organise, sur demande, des stages de formation de deux jours. Ils concernent l’identification et le sérotypage de Salmonella par la méthode d’agglutination rapide sur plaque. Cette formation s’adresse aux techniciens de laboratoires d’analyse.