Les laboratoires adhérents s'engagent en signant une charte de fonctionnement avec l'Anses

 

Les méthodes d'analyse

 

Sérotypage par agglutination sur lame

Le sérotypage des Salmonella consiste, grâce à des réactions d'agglutination directe sur lame, à  identifier les antigènes somatiques « O » (détermination du groupe) et  les antigènes flagellaires « H » (détermination précise du sérovar).

 

Whole Genome Sequencing

• Sérotypage par outils génomiques (dont variants monophasiques de Typhimurium)

Le sérotypage des Salmonella peut également être déterminé sur la base d’un séquençage complet de génome (WGS) grâce à la caractérisation de déterminants génétiques propres à Salmonella.  La méthode mise en œuvre combine les résultats de deux outils génomiques : SeqSero2 (Zhang et al., 2019) et SISTR (Yoshida et al., 2016).

Si le résultat correspond à l’une des formules antigéniques d’un variant monophasique (1,4,[5],12:i:-,  1,4,[5],12:-:1,2  ou 1,4,[5],12:- :- ), alors une PCR in silico (outil de bio-informatique utilisé pour simuler la PCR pour un ensemble d'amorces donné) est réalisée afin de vérifier s’il s’agit ou non d’un vrai variant monophasique de Typhimurium ou d’un autre sérovar.

 

• Clustering par cgMLST

Basée sur le séquençage du génome complet (WGS), la méthode cgMLST repose sur un schéma analytique standardisé  d’un nombre fixe de gènes pour chaque espèce ou groupe d'espèces étroitement apparentées. Ainsi, des génomes très proches peuvent être "regroupés" en un Complex Type (CT), permettant d’identifier les groupes phylogénétiquement reliés.

 

 

Les tarifs des prestations analytiques

 

Les tarifs des prestations Anses sont disponibles ici.

 

Pour les analyses effectuées soit par sérotypage par agglutination soit par WGS, un abonnement forfaitaire est proposé.

 

Ce dernier est pour l’année 2024 d’un montant de 575 € HT (code 00860). Il comprend :

• un sérotypage gratuit des 25 premières souches,
• un tarif spécial de 17 € HT/souche (pour le sérotypage au-delà de 25 souches, code 00861),
• un tarif spécial pour le séquençage complet du génome facturé à 127 € HT/souche (code 01194) dès la première souche.

 

Le sérotypage d’une souche demandé en urgence  est  facturé au tarif de 130 € HT (code 00850), que le laboratoire ait souscrit ou non un abonnement forfaitaire. La mention "urgent" doit être notée sur la demande d'analyse. Pour le séquencage, le tarif est 843 € HT (code 00501).

 

Si aucun abonnement forfaitaire n’est souscrit, le tarif  par souche est de 98 € HT (code 00840) pour le sérotypage  et 176 € HT (code 00502) pour le séquençage.

 

Dans le cadre des « Enquêtes / Etudes » générant un nombre important de souches, il est nécessaire de nous contacter avant cet envoi et un devis spécifique sera établi.

 

L’abonnement  est « gratuit » si le laboratoire envoie uniquement ses propres résultats de sérotypage (récapitulatifs).

 

Pour les analyses par PCR, elles font l’objet d’une facturation à la souche au tarif en vigueur.

 

Il existe un stage de formation (1,5 jours) pour l'identification et le sérotypage de salmonnelles par la méthode d'agglutination sur lames au prix de 839 € HT (code 00170). Merci de prendre contact avec le réseau si vous êtes intéressés.

 

L'organisation d'essais inter-laboratoire d’aptitude (EILA)

Tous les 2 ans, l'unité SEL organise un EILA sérotypage des salmonelles.

Cet essai inter-laboratoire est destiné aux adhérents du réseau. Il est, en général, organisé sur la période juin / juillet. 

La formation au sérotypage des Salmonella

L’unité SEL organise, sur demande, des stages de formation de deux jours. Ils concernent l’identification et le sérotypage de Salmonella par la méthode d’agglutination rapide sur plaque. Cette formation s’adresse aux techniciens de laboratoires d’analyse.

 

L’inventaire

Une compilation des résultats de sérotypage est publiée chaque année sous la forme d’un inventaire.